新疆农业大学水利与土木工程学院的前身是创建于1952年8月1日的新疆八一农学院水利系。1995年4月21日学校更名为新疆农业大学，水利系更名为水利与土木工程分院。1997年9月更名为水利与土木工程学院。
学院拥有水利工程一级学科博士点(主要学科方向包括：内陆干旱区水文过程及水资源利用、水工水力学及内陆河流水沙运动、寒冷干旱区水利水电与水工结构)和农业工程一级学科硕士点(学院主要学科方向：内陆干旱区农业水土资源高效利用)
学院设有水利水电工程、农业水利工程、土木工程、工程管理、水文与水资源工程、水土保持与荒漠化防治、农业建筑环境与能源工程7个本科专业，其中水利水电工程专业和土木工程专业为第一批次招生专业;水利水电工程专业是国家重点(培育)学科、教育部第一批“本科教学工程”地方高校本科专业综合改革试点专业、教育部财政部第六批高等学校特色专业建设点、自治区重点学科、自治区第一批重点产业紧缺人才专业;农业水利工程专业是国家第一批卓越农林人才教育培养计划改革试点项目、自治区重点学科、第二批自治区重点产业紧缺人才专业;水文学及水资源专业是自治区重点学科;学院拥有2个自治区优秀教学团队，2门自治区精品课程，2个自治区产学研联合培养研究生示范基地。
学院拥有新疆水文水资源工程技术研究中心，自治区干旱区水利工程实验教学示范中心，寒冷干旱区水文水资源与水利工程自治区高校重点实验室;
学院在混凝土面板坝、沥青混凝土心墙坝、沥青混凝土材料、寒冷干旱侵蚀条件高性能混凝土、引水枢纽大型水工模型、多沙河道渠首、高效节水工程、水土保持工程的咨询和设计、水资源规划与利用、盐碱地改良规划、灌区自动化、水利工程景观规划设计、城市污水处理、三维虚拟等方面开展社会服务工作。
