中国农业大学水利与土木工程学院(简称“水院”)源于1958年10月原北京农业机械化学院创建的农田水利化系，1984年更名为北京农业机械化学院水利与建筑工程系，1987年更名为北京农业工程大学水利与建筑工程系;1994年经水利部和农业部批准并联合发文，撤系建院，成立北京农业工程大学水利与土木工程学院;1995年更名为中国农业大学水利与土木工程学院。2011年，学校成为教育部和水利部共建的全国8所重点大学之一，学院迎来了新的发展机遇。
学院牵头建设了中国农业水问题研究中心和农业部设施农业工程学科群，拥有农业部设施农业工程(综合性)重点实验室、农业节水与水资源教育部工程研究中心、北京市畜禽健康养殖环境工程技术研究中心、北京市供水管网系统安全与节能工程技术研究中心、农业部作物高效用水武威科学观测实验站、农业部沼气质量测试中心华北工作站等科研平台，在甘肃武威、北京通州、内蒙古巴彦淖尔等地建有多个科研教学基地，其中石羊河试验站入选国家农业科技创新与集成示范基地。建设有科技部温室设备国际科技合作基地和北京市畜禽健康环境与福利养殖国际科技合作基地、现代节水灌溉技术与设备国际科技合作基地。
学院坚持围绕国家、地方、行业的重大需求和学校的总体发展目标，开展学科建设、人才培养、科学研究和社会服务。1958年招收第一届农田水利专业本科生，1979年创建了国内第一个农业建筑与环境工程本科专业,开设了水力机械本科专业，1988年开设工业与民用建筑工程本科专业，2000年开设水利水电工程本科专业;1982年开始招收硕士研究生，1986年招收博士研究生，1996年招收工程硕士研究生，1996年开始招收农业工程博士后，2014年获批水利工程博士后流动站。现有农业水利工程、农业建筑环境与能源工程、能源与动力工程、土木工程、水利水电工程5个本科专业;水利工程、农业水土工程、农业生物环境与能源工程、动力工程及工程热物理、土木工程、城乡规划学6个学术型硕士学位授权点，水利工程、农业工程、动力工程、建筑与土木工程、项目管理(非全日制)5个工程硕士专业学位授权点以及设施农业(非全日制)农业硕士专业学位授权点;水利工程、农业水土工程、农业生物环境与能源工程、水文学及水资源、水土保持与荒漠化防治 、水动力学及水力机械6个博士学位授权点;2014年起与美国康涅狄格大学农业与自然资源学院合作开展了本科生“3+2”联合培养项目。历经近60年的发展，学院目前已建立了本科、硕士、博士、博士后以及国外合作办学的人才培养体系，拥有农业水土工程、农业生物环境与能源工程2个国家重点学科和水文学及水资源北京市重点学科，形成了作物高效用水理论与技术、节水灌溉技术与产品、农业水资源与水环境、水动力学与水力机械、动物健康养殖环境工程、设施园艺环境工程、城乡建筑及村镇规划等特色鲜明、优势互补的研究方向。在2012年教育部组织的全国一级学科评估中，中国农业大学农业工程一级学科全国排名第一(农业水土工程、农业生物环境与能源工程为其二级学科)，水利工程一级学科全国排名第七。农业水利工程、农业建筑环境与能源工程本科专业入选教育部首批“卓越农林人才教育培养计划”，农业水利工程本科专业通过全国工程教育专业认证。
