水利水电学院的前身是1952年建立的水力发电系、水工结构系和水利土壤改良系，1954年，水力发电系和水工结构系合并为河川系，1958年，水利土壤改良系改名为农田水利工程系，1985年，河川系改名水力发电工程系。1995年，学校机构调整，以水力发电工程系、农田水利工程系、水利水电科学研究所等系所为基础组建成立了水利水电工程学院。2009年，根据学科发展趋势学院更名为水利水电学院，学院设有水利水电工程系和农业水利工程系。
学院现有水利工程和农业工程2个一级博士点学科，拥有二级博士点学科7个、硕士点学科8个和本科专业3个。博士点学科包括水工结构工程、水力学及河流动力学、水利水电工程、水灾害与水安全、水利水电建设工程管理、农业水土工程和农业生物环境与能源工程等，其中，水工结构工程、水力学及河流动力学和水利水电工程均为水利工程国家重点学科中的二级学科; 硕士点学科除了上述7个博士点学科以外，还有土壤学学科; 学院还招收攻读水利工程领域、农业工程领域工程硕士专业学位研究生; 本科专业有水利水电工程、农业水利工程、设施农业科学与工程等。同时，学院还设有水利工程博士后流动站，教育部水利水电工程安全工程研究中心、南方地区高效灌排与农业水土环境教育部重点实验室以及南京市土工合成材料工程技术研究中心均挂靠学院。学院也是水文水资源与水利工程国家重点实验室和水资源高效利用与工程安全国家工程研究中心的主要建设学院。
近年来，学院发挥综合优势，先后承接了三峡、向家坝、龙滩、二滩、锦屏、拉西瓦、溪洛渡、白鹤滩、小湾、小浪底、水布垭、双江口、两河口、南水北调等遍及全国各地的重大水利水电工程的科研项目，研究经费超3亿元，取得了大量成果，发表论文2000余篇，出版教材、专著80余部。先后获得国家科技进步特等奖、二等奖、三等奖和省部级科技进步奖等70余项。
