交通运输部水运科学研究院作为部直属一级科研事业单位，在交通运输部直接领导下，已走过半个世纪的历程，经过几代人的努力拼搏，已从初期几十人的研究所发展成为拥有近五百名员工，集水运高新技术研究、行业发展咨询、工程设计承包、新技术产品开发和技术管理培训为一体的综合性研发机构，为行业发展的重大决策和重大建设提供了强有力的智力支撑和技术支撑。
半个多世纪的奋斗历程，该院建立了有利于可持续发展的运行机制，造就了一支可支撑行业发展的人才队伍，拥有了支持产品研发、成果转化的科研试验条件，基本确立了行业科技主力军的地位 。该院在行业发展战略、规划和管理研究;水运安全研究与评估;港口集装箱与散货装卸工艺、散货码头自动控制和管控一体化等技术领域一直处于国内领先地位;环保研究与评估、水运信息系统设计与开发、港口装备研发与咨询等技术领域一直处于优势地位;在近年发展起来的水运节能与航运法律等研究领域也已呈现出具有强劲发展潜力的新优势 。
半个多世纪的奋斗历程，该院在行业发展中起到了引领科技进步的重要作用。通过该院主持承担的三个国家级重大科研项目：“国际集装箱运输系统论证”、“国际集装箱运输(多式联运)系统工业性试验”和“国际集装箱运输 电子信息传输( EDI ) 和运作系统及示范工程 ”，研究开发了集装箱运输发展中的成套技术与装备， 开创了我国集装箱运输快速发展的新纪元 ;通过二十多年港口安全生产研究，开辟了独具特色的港口安全评价技术新领域 ，促进了港口安全生产的快速发展，也为我国出色履行国际公约、优质高效完成港口保安任务提供了技术保障;通过主持承担“我国内河船型标准化体系研究”、 “京杭运河船型标准化示范工程”和“川江及三峡库区标准船型研究开发”，推动了我国内河航运的新发展 ;通过主持承担“面向二十一世纪水运发展战略研究”， 为行业制定新世纪发展规划奠定了基础 ;通过首次将可编程控制技术应用于我国港口装卸系统，实现了大型装卸设备、港口装卸系统的自动化控制，开启了我国港口装卸自动化的新时代;通过研发国内第一套集装箱码头管理系统和航运企业生产调度管理系统，开创了港航信息化的先河;通过率先引进吸收国际集装箱多式联运、内河分节驳顶推船队、浅吃水肥大型运输船舶等先进技术，为提高我国水上运输的组织水平和效率、效益提供了新手段与新装备 。
