湖泊与环境国家重点实验室(State Key Laboratory of Lake Science and Environment)是在1991年成立的中国科学院湖泊沉积与环境开放实验室的基础上筹建的，依托于中国科学院南京地理与湖泊研究所。实验室2006年通过国家科技部全部评审论证程序，2007年初正式批准建设，2009年12月实验室通过建设验收，2010年9月以良好类成绩通过评估。实验室主任为沈吉研究员，学术委员会主任为徐冠华院士。
实验室以探索自然与人文要素驱动下湖泊系统过程、格局及其相互作用规律为基础，针对保障湖泊水安全和维系区域生态安全为核心的国家紧迫需求和现代湖泊科学发展的需要，重点在湖泊形成与演化、湖泊水文与水资源、湖泊环境污染与生态修复及湖泊-流域相互作用与调控四个领域展开研究，揭示湖泊环境演变规律，发展湖泊环境污染治理和生态修复的原理与技术，建立湖泊-流域综合管理的理论与方法。实验室拟在未来5年重点开展湖泊沉积岩芯的区域环境演变记录、湖泊水动力特征及其对物质输移的影响、水动力过程对营养盐生物有效性的影响、环境胁迫下湖泊生态系统的响应机制，以及人类活动与气候变化对流域水资源变化影响等方向的原创性研究。
实验室非常重视人才培养与队伍建设，目前已拥有一支优秀的、结构合理的研究队伍。实验室现有固定人员63名，研究员29名，其中博士生导师22名，45岁以下研究员18名，科研骨干均具有博士学位或国外科研合作交流经历。实验室有国家***基金获得者2名，中国科学院"***计划"8名，"973"项目首席科学家1名，"863"课题首席科学家5名，国家自然科学基金重点项目负责人4名，中国科学院知识创新工程重大项目首席科学家2名，中国科学院知识创新工程重要方向项目首席科学家6名。实验室流动人员包括博士后、博士研究生、硕士研究生以及客座研究人员。现有在站博士后7名，在读博士生90名，硕士生87名以及客座研究人员25名，技术人员7人，管理人员1人，是一支中青年相结合的、高水平、高素质的科研团队。
实验室目前承担着120余项重要科研项目，其中包括国家重点基础研究发展计划"973"项目，国家基金委重大、重点项目，国家高技术研究发展计划"863"项目，国家基金委面上项目及中国科学院"***计划"、重要方向项目等。实验室成员已发表专著10余册，并在国内外重要的学术期刊和国际学术会议上发表论文百余篇，其中不少发表在国际权威刊物与国际重要会议上。近年来，实验室获准专利50余项，获国家自然科学二等奖1项，国家科技进步二等奖1项，省科技进步奖10项，其它部委级一等奖1项。
湖泊与环境国家重点实验室发展的总体目标是建设跻身国际先进行列、体现国家水平的湖泊与环境实验测试与野外研究和监测平台，建设一支国内一流、在国际相关学科领域具有竞争实力的湖泊与环境研究专门人才队伍，提高湖泊与环境领域原创性研究成果的水平。发展以湖泊环境为核心的现代湖泊科学理论体系，提供改善湖泊水环境质量、保障水资源安全的方法与技术体系，提升我国在国际湖泊科学研究领域的学术地位，为维护区域生态安全，促进经济社会可持续发展提供科学依据和技术支撑。实验室将以"建设国际一流的国家级湖泊科学研究基地、人才聚集与培养基地和学术交流基地"为目标，面向国际科学前沿、面向国家战略需求，不断做出新的基础性、战略性、前瞻性的贡献。
