水利部中国科学院水工程生态研究所(原水利部中国科学院水库渔业研究所)成立于1987年，为水利部和中国科学院双重管理的科研事业单位。现有在职职工150人，其中具有博士和硕士学位达80人，占比超过50%，现有研究员(教授级高工)22人、副研究员(高级工程师)45人。设有4个管理部门，6个科研部门， 2个支撑与服务部门。根据水利行业学科发展布局和支撑流域综合管理的需要，依托研究所设立了水利部水工程生态效应与生态修复重点实验室、水利部水生态与生物资源研究试验基地、中国水利学会水生态专业委员会。研究所拥有国家认证认可监督管理委员会颁发的“资质认定计量认证证书”，出版学术性双月刊《水生态学杂志》，建有博士后科研工作站。此外，研所是农业部全国渔业生态环境监测网的全国水库渔业生态环境监测站成员，是农业部濒危水生野生动植物种鉴定单位，是国际河流科学学会、世界鲟鱼保护学会理事成员，以及中国水利学会、中国环境科学学会、中国水产学会等学术机构的理事单位。
作为长江流域综合监测站网的重要组成部分和长江流域水环境监测的专业分中心，长江水利委员会于2017年1月批复研所成立“水工程生态研究所水生态监测中心”。
根据国家有关法律法规和长江委的授权，研究所主要承担流域(区域)水生态保护规划和水生态监测系统规划的编制工作，承担流域内主要区域的水生态监测、调查和基础数据的收集、分析与评估，编制主要河流水生态状况报告，负责流域水生态状况监测数据系统和数据规划体系的研究，编排相关的技术规程、规范，开展水生态保护有关的新技术示范与推广，开展水工程建设生态学影响的实验研究、重要工程建设的生态学效果影响评估、关键水生生物物种及资源的保护对策研究、过鱼设施及人工湿地等生态恢复措施的研究与示范、生态水文学的理论研究等工作。
目前，研究所建有分子生态学、鱼类驯育、鱼类行为学、过鱼设施等专门实验室，在国内率先拥有了在室内研究、测试鱼类克流和翻越障碍能力的实验条件。在宜昌中华鲟自然保护区建有野外观测试验站。正在建设水生态与生物资源试验基地。
研究所承担了国家自然科学基金重大项目、973项目、十二五国家科技支撑计划项目、国家重点研发计划重点专项项目、科技部国际合作计划重大项目、国家水专项以及水利部、环保部、农业部、三峡办和湖北省重大科研项目或课题。研究所以水利工程建设生态与环境影响与对策的研究为主攻方向。先后参与了葛洲坝、三峡、南水北调等大型水利工程的生态环境影响论证，涉足7大流域相关水工程生态建设的水生态调查，积累了近10余年来我国内陆水体生态保护状况变化的一手资料。在生态修复理论与应用，珍稀濒危水生物种保护的理论与技术、环境DNA与分子生态学、内陆水体生态状况评价、水工程生态保护的理论与技术等领域具有优势;在高坝集运鱼系统集成、鱼类 增殖放流站建设、鱼类控制育种繁殖等领域拥有核心专利技术。是国内重大涉水工程建设生态保护建设单位的主要技术合作伙伴。
建所以来，已完成项目200余项，各类在研项目200余项，其中国家级公益科研类项目20余项。获得省部级等各项奖励47项;申报并获得专利25项。与十多个国家开展学术交流与科技合作，并举办24期水生态讲坛。
